Naxçıvan Muxtar Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Agentliyinin aparatının ştat cədvəlində 16 ştat vahidi var.

- Dini qurumlarla iş və dinşünaslıq ekspertizası adlı 1 şöbə;

- Dini marifləndirmə işinin təşkili və qeydiyyat;

- Maliyyə təsərrüfat sektoru;

- Ümumi işlər adlı sektor.