Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin 2017-ci il 18 dekabr tarixli, 89-V FR nömrəli fərmanı əsasında Naxçıvan Muxtar Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Agentliyi yaradılmışdır.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin 2017-ci il 19 dekabr tarixli, 90-V FR nömrəli fərmanı əsasında Vüqar Səyyad oğlu Babayev Naxçıvan Muxtar Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Agentliyinin direktoru təyin edilib.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin 2017-ci il 28 dekabr tarixli, 205-05/S nömrəli sərəncamı əsasında Naxçıvan Muxtar Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Agentliyinin tabeliyində “Mənəvi Dəyərlər Fondu” yaradılmışdır.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2018-ci il 30 noyabr tarixli, 199 nömrəli qərarı əsasında “ƏshabiıKəhf Ziyarətgahı” Dini Mədəni Abidə Kompleksi Naxçıvan Muxtar Respublikası Mədəniyyət Nazirliyinin tabeliyindən Naxçıvan Muxtar Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Agentliyinin tabeliyinə verilmişdir.